Οι στόχοι που επιδιώκει το Κέντρο Αριστείας είναι οι ακόλουθοι:

• Η αύξηση του ενδιαφέροντος και την ενίσχυση των γνώσεων, ώστε να προετοιμαστούν κατάλληλα οι μελλοντικοί πολιτικοί και οικονομικοί ηγέτες καθώς και οι διαμορφωτές κοινής γνώμης.
• Η ανάδειξη του ενδιαφέροντος της ακαδημαϊκής κοινότητας και των Ευρωπαίων πολιτών για τις διαδικασίες της Ευρωπαϊκής ολοκλήρωσης.
• Η παροχή κινήτρων συμμετοχής σε καινοτόμες εκπαιδευτικές και ερευνητικές διαδικασίες κατανόησης των θεμελιωδών εννοιών και δυναμικών της Ευρωπαϊκής Ένωσης.
• Η αντιμετώπιση της αυξανόμενης δυσπιστίας των ευρωπαίων πολιτών αναφορικά με τα «ιδεώδη» της Ευρωπαϊκής Ένωσης.
• Η ενίσχυση της δημόσιας συζήτησης σχετικά με αμφιλεγόμενα ευρωπαϊκά προβλήματα.
• Η βελτίωση των διδακτικών μεθόδων και υλικών που θα συνεισφέρουν στην βελτίωση της ποιότητας και της αποδοτικότητας της ερευνητικής δραστηριότητας.
• Η παρότρυνση και η παροχή των κατάλληλων γνώσεων επαγγελματικής κατάρτισης και κινητικότητας.
• Η δημιουργία νέων ερευνητικών και ακαδημαϊκών συνεργιών για την καθιέρωση σύγχρονων μοντέλων στην ανώτερη εκπαίδευση στην Ευρωπαϊκή Ένωση και Ευρωπαϊκή γειτονία.
• Η ενίσχυση της συνεργασίας μεταξύ της ακαδημαϊκής κοινότητας και της κοινωνίας των πολιτών σε ζητήματα που αφορούν την Ευρωπαϊκή ολοκλήρωση.
• Ο συγχρονισμός της επιστημονικής έρευνας με τις ανάγκες των ευρωπαϊκών κοινωνιών.
• Η αναζωογόνηση των αξιών της αλληλεγγύης, της δημοκρατίας, της πολιτισμικής ποικιλομορφίας και του κράτους δικαίου. μέσα στην Ευρώπη και την αύξηση του.

Από τον Σεπτέμβριο 2015 λειτουργεί στο Πανεπιστήμιο Μακεδονίας το Κέντρο Αριστείας Jean Monnet “Research on Crucial Issues of European Integration” το οποίο φιλοξενείται στο Εργαστήριο Διεθνών Σχέσεων και Ευρωπαϊκής Ολοκλήρωσης του Τμήματος Διεθνών και Ευρωπαϊκών Σπουδών. Η ίδρυση του Κέντρου επιχορηγήθηκε από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή, και ειδικότερα από το πρόγραμμα Erasmus+ μετά από προκήρυξη διαγωνισμού, υποβολή λεπτομερών προτάσεων και αυστηρή αξιολόγηση από ανεξάρτητους εμπειρογνώμονες. Στην Ελλάδα λειτουργούν πλέον δύο Κέντρα Αριστείας, ενώ τέτοια κέντρα υπάρχουν σε όλη την Ευρώπη, την Αμερική και σε άλλες χώρες. Η βασική αποστολή του Κέντρου είναι η προώθηση του διαλόγου, η συμβολή στην αναβίωση της «ευρωπαϊκής ιδέας» μεταξύ των ευρωπαίων πολιτών και η αύξηση του ενδιαφέροντος για τις σπουδές ευρωπαϊκής ολοκλήρωσης.

Ο πρωταρχικός στόχος του Κέντρου Αριστείας του Πανεπιστημίου Μακεδονίας είναι η έρευνα στα κρίσιμα Ζητήματα της Ευρωπαϊκής Ολοκλήρωσης που γίνεται με συγκεκριμένη δομή και χρονοδιάγραμμα με τη βοήθεια ομάδων ερευνητών από το Πανεπιστήμιο Μακεδονίας και άλλους φορείς στην Ελλάδα και το εξωτερικό. Η έρευνα ενισχύεται με ερευνητικές επισκέψεις στο εξωτερικό καθώς και οργάνωση εκδηλώσεων, όπως συζητήσεις «στρογγυλής τραπέζης» (round tables) και συνέδρια.

Οι κύριοι ερευνητικοί άξονες του Κέντρου περιλαμβάνουν τις εξής θεματικές: 

1) Ευρωπαϊκή Ένωση στο Διεθνές Σύστημα: Ασφάλεια και Άμυνα,

2) Ευρωπαϊκή Οικονομική Διακυβέρνηση,

3) Ανάπτυξη της ΕΕ,

4) Συνταγματικές Αξίες, Δικαιώματα και Ιθαγένεια και

5) Έρευνα, εκπαίδευση και πολιτικές νεολαίας. 

Δεύτερος στόχος του Κέντρου Αριστείας είναι η διδασκαλία σε κρίσιμα ζητήματα της ΕΕ. Το Κέντρο διοργανώνει κάθε έτος ένα θερινό σχολείο «summer school» για τον Χώρο Ελευθερίας, Ασφάλειας και Δικαιοσύνης της ΕΕ καθώς και ηλεκτρονικά σεμινάρια εξ αποστάσεως για την πολιτική της ΕΕ κατά της ρητορικής μίσους και το έγκλημα μίσους. Επιπλέον, οι φοιτητές τόσο του Πανεπιστημίου Μακεδονίας όσο και του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης που σπουδάζουν σε συναφή αντικείμενα με τους σκοπούς του Κέντρου Αριστείας έχουν τη δυνατότητα πρακτικής άσκησης.

Τρίτος στόχος του Κέντρου Αριστείας είναι η λειτουργία Παρατηρητηρίου των Συνταγματικών Αξιών της ΕΕ, που ασχολείται κυρίως με δραστηριότητες καταγραφής και σχολιασμού νομοθεσίας και νομολογίας της ΕΕ (Observatory of EU Constitutional Values).

Το Κέντρο Αριστείας δημοσιεύει την έρευνά του σε τόμους πρακτικών συνεδρίων, επιστημονικά άρθρα, ερευνητικά projects και τετράδια εργασίας των ασκούμενων φοιτητών. Οι δημοσιεύσεις γίνονται στην ηλεκτρονική σελίδα του ή/και σε έντυπες εκδόσεις ή/και στα μέσα κοινωνικής δικτύωσης.

Με όραμα να συνεχίσει το έργο της Έδρας Jean Monnet «Νέες Διαστάσεις στις Ευρωπαϊκές Νομικές Σπουδές» (από το 2012) και του πρώτου Κέντρου Αριστείας Jean Monnet Βόρειας Ελλάδας (2005-2008), το νέο Κέντρο στοχεύει να συνεχίσει τη μακρά παράδοση του Πανεπιστημίου Μακεδονίας και ιδίως του Τμήματος Διεθνών και Ευρωπαϊκών Σπουδών, στη διεξαγωγή έρευνας και διδασκαλίας υψηλού επιπέδου.